داستان سریال Tales of the Teenage Mutant Ninja Turtles دو ماه پس از وقایع فیلم Teenage Mutant Ninja Turtles: Mutant Mayhem (2023) آغاز می‌شود. این سریال، زندگی دوگانه لاک‌پشت‌ها را به عنوان نوجوانان و قهرمانان در نیویورک سیتی به تصویر می‌کشد. در اولین قوس داستانی، لاک‌پشت‌ها در حالی که با شرور جدیدی به نام بیشاپ مواجه می‌شوند، از یکدیگر جدا می‌شوند. بیشاپ قصد دارد تمامی جهش‌یافته‌ها را از بین ببرد. لاک‌پشت‌ها باید برای اولین بار با تنهایی خود مقابله کرده و دوباره با هم متحد شوند تا جهش‌یافته‌ها را نجات دهند. در قوس دوم، لاک‌پشت‌ها با گروهی از جهش‌یافته‌های آبی به نام East River Three درگیر می‌شوند.